核酸医薬品やPCR プライマーの塩基配列は1塩基のデリーションも許されません。オリゴヌクレオチドの目的の配列を化学合成するために、キャッピング剤が広く利用されております。
ホスホロアミダイト法において、アミダイト間のカップリングが100%の効率を確保することは不可能であるため、未反応鎖が一部残ってしまいます。カップリングしなかった未反応の5´ヒドロキシル基をアセチル化し「キャップ」するために用いる薬剤がキャッピング剤です。
※キャップされたオリゴヌクレオチドはその後の核酸合成において伸長反応が進みません。